Le médecin du travail peut prescrire les examens complémentaires nécessaires :

1° A la détermination de l'aptitude médicale au poste de travail, notamment au dépistage des affections comportant une contre-indication à ce poste de travail ;

2° Au dépistage des maladies à caractère professionnel prévues à l'article L. 461-6 du code de la sécurité sociale et des maladies professionnelles non concernées par les dispositions réglementaires prises en application du 3° de l'article L. 4111-6 ;

3° Au dépistage des maladies dangereuses pour l'entourage.

Les examens complémentaires sont à la charge soit de l'employeur, soit du service de santé au travail
interentreprises, lesquels donnent au médecin du travail le moyen d'assurer le respect de l'anonymat de ces examens.

Le médecin du travail choisit l'organisme chargé de pratiquer les examens.

Certains règlements issus d’autres législations ou certaines conventions comportent des dispositions relatives aux examens médicaux que le médecin du travail peut être conduit à honorer.
Ils visent notamment :
- le personnel des établissements scolaires
- les travailleurs postés
- le personnel permanent des services de sécurité des immeubles de grande hauteur et des établissements recevant du public
- le personnel manipulant des denrées alimentaires.
- les victimes d’agression au temps et au lieu de travail et qui développent des pathologies dues au stress post-traumatique à la suite des faits.

Par circulaire CNAM du 10-12-1999, la prise en charge au titre d’un AT est possible.